Khoảng những năm 1601, Nỗ Nhĩ Cáp Xích dựa theo chế độ "Mãnh an mưu" của người Nữ Chân, quy định ra Biên chế cơ bản cho Bát kỳ, sau đó lại đặt ra 4 Kỳ phân biệt theo màu cờ hiệu là Hoàng (Suwayan), Bạch (Sanggiyan), Hồng (Fulgiyan), Lam (Lamun). Nỗ Nhĩ Cáp Xích đích thân quản lý Hoàng kỳ.

Về sau, khi thống nhất hoàn toàn các bộ lạc Nữ Chân, Nỗ Nhĩ Cáp Xích tổ chức tăng thêm bốn kỳ nữa. Các kỳ cũ được thêm danh xưng Chính (Gulu, không có viền), còn các kỳ mới có thêm màu viền trên cờ hiệu là có thêm danh xưng Tương (Kubuhe, có viền), gọi là Tương Hoàng kỳ, Tương Lam kỳ, Tương Bạch kỳ, Tương Hồng kỳ. Nỗ Nhĩ Cáp Xích vẫn đích thân quản lý Chính Hoàng kỳ và Tương Hoàng kỳ.

Cuối những năm Nỗ Nhĩ Cáp Xích tại vị, ông đã đem Chính Hoàng kỳ cho hai đích tử [1] của mình là A Tế Cách và Đa Nhĩ Cổn, lại chia một nửa Tương Hoàng kỳ cho đích ấu tử[2] là Đa Đạc. Cũng từ đây mà địa vị Chính Hoàng kỳ và Tương Hoàng kỳ chính thức hoán đổi cho nhau, Tương Hoàng kỳ trở thành Kỳ đứng đầu và cũng là Kỳ tịch của Hoàng Đế nhà Thanh về sau. Đây cũng là giai đoạn duy nhất mà người sở hữu Ngưu lộc của hai Hoàng kỳ không phải là Đại Hãn hay Hoàng Đế.

Sau khi Nỗ Nhĩ Cáp Xích mất, con trai là Hoàng Thái Cực trở thành Đại Hãn. Hoàng Thái Cực lấy lý do hai Hoàng kỳ vốn thuộc sở hữu của Đại Hãn nên đã đổi hai Bạch kỳ với hai Hoàng kỳ, bản thân ông từ đó nắm giữ hai Hoàng kỳ, Đa Đạc từ Kỳ chủ Tương Hoàng kỳ trở thành Kỳ chủ Chính Bạch kỳ, A Tế Cách và Đa Nhĩ Cổn từ Kỳ chủ Chính Hoàng kỳ trở thành Kỳ chủ Tương Bạch kỳ. Trước đó, Chính Bạch kỳ vốn thuộc sở hữu của Hoàng Thái Cực và Tương Bạch kỳ thuộc sở hữu của Đỗ Độ - con trai trưởng của Chử Anh.

Sau khi Thuận Trị Đế lên ngôi, Đa Nhĩ Cổn trở thành Nhiếp chính vương. Đa Nhĩ Cổn đã sử dụng quyền lực của mình để độc chiếm hai Bạch kỳ, lấy Chính Lam kỳ vốn thuộc về Hào Cách giao cho Đa Đạc.

Đa Nhĩ Cổn qua đời, Thuận Trị Đế tiếp quản Chính Bạch kỳ, lại trả Tương Bạch kỳ cho hậu duệ Hào Cách. Kể từ đó, Hoàng đế trực tiếp quản lí Thượng Tam kỳ (Tương Hoàng kỳ, Chính Hoàng kỳ và Chính Bạch kỳ), ngược lại với Hạ Ngũ kỳ; bởi vì Thượng Tam kỳ do Hoàng đế trực tiếp cai quản nên các kỳ này không có Kỳ chủ. Thê thiếp của Hoàng đế, các Thái phi của Tiên đế, các Hoàng tử chưa phân phủ và các Công chúa chưa xuất giá có Kỳ tịch nằm trong Tương Hoàng kỳ. Cận vệ của Hoàng đế và Thị vệ của Tử Cấm Thành cũng được tuyển chọn từ Thượng Tam kỳ.